En 1997, cuando era jugador del Valencia CF, sufrió una grave lesión que casi lo aparta de la práctica del fútbol.
Anteriomente jugó una temporada cedido en el C.D. Logroñés dónde disputo un total de 15 partidos, como se comenta anteriormente sobre su gravísima lesión, tuvo varías intervenciones donde estuvo 3 años fuera de los terrenos de juego.
Su recuperación fue muy dura pues tuvo que jugar en el filial valenciano en la Segunda División B. En la temporada siguiente se marchó en calidad de cedido al Elche CF donde cuajó una temporada magnífica, que no paso desapercibido para el ojo de Monchi, director de la secretaría técnica del Sevilla FC, que negoció la carta de libertad con el Valencia CF, y en el verano de 2001 firmó por el club hispalense.
Con nuestro Sevilla ha conseguido levantar la Copa de la UEFA en dos ocasiones, 2006 y 2007; la Supercopa de Europa en el año 2006, la Copa de S.M. el Rey del año 2007 y la Supercopa de España también en el 2007.
El 15 de noviembre de 2006 debutó como internacional absoluto con la selección española en un partido amistoso disputado en Cádiz, en el estadio Ramón de Carranza ante la selección de Rumania, con resultado de 0-1 a favor de los rumanos gracias a un solitario gol de Ciprian Marica. Disputó los 90 minutos y llevó el dorsal número 2
Es el segundo jugador con más edad en debutar con la selección española, con 32 años, después de Ferenc Puskás.
Los equipos en los ha jugado son :
Valencia CF España 1993-1994
Club Deportivo Logroñés España 1994-1995
Valencia CF España 1995-2000
Elche CF España 2000-2001
Sevilla FC España 2001-2009
Desde aqui Javi, te agradecemos todo lo que has hecho por nuestro Sevilla, tu carácter en el campo y fuera de él ha sido todo un ejemplo de profesionalidad,desde aquel verano del 2001 de la mano de Monchi y el temperamento de Caparros fuistes labrando el camino del éxito, hicistes de la zaga sevillista cuál muro infranqueable traspasara, con un marcado caracter y de una calidad humana digna del escudo por el que se lucha, central de centrales , ejemplo para todos , superastes siempre a tus rivales a los de dentro del campo y a los de fuera , siempre ganador , siempre al corte , derrimistes a todos los ventajistas mediáticos de pacotilla de la prensa nacional centralista, que ganaban dinero en portadas de revistas y horas de radio a costa de sus mentiras vanas y malvadas, y cómo el ave fénix a tus pies quedaron postrados cuando sus retinas quedaron derretidas por el brillo del éxito más rotundo de un profesinal del deporte, levantar un título, y tú cinco , dios mío que grande eres...
Desde aqui mi reconocimiento más absoluto y sincero, nos has hecho grande y nos has hecho fuertes, siempre serás nuestro lider, tu nombre queda ya con letras de oro en el corazón del sevillismo , siempre estarás en nuestro escudo, gracias campeón, gracias Javi, gracias por todo.
