Pocos meses después de hacerse cargo del Lorca Deportiva CF, lo ascendió a Segunda División de España. La siguiente temporada (2005/06) convirtió al Lorca Deportiva CF en la revelación de Segunda División de España; tanto que, contra todo pronóstico, llegó hasta la última jornada con posibilidades de ascender a Primera División de España.4
En la temporada 2006/07 fichó como entrenador de la UD Almería,5 equipo que, de la mano de Emery, cuaja también una excelente campaña y acaba ascendiendo a la Primera División de España, ocupando el segundo lugar en la tabla de clasificación.6
En la temporada 2007/08 siguió su aventura con el equipo almeriense en Primera, siendo uno de los técnicos revelación y terminando en 8º lugar con 52 puntos, lo que convirtió al UD Almería en uno de los equipos revelación y en el segundo mejor equipo recién ascendido de toda la historia de la Liga.7
El 22 de mayo de 2008 firma con el Valencia CF por dos temporadas, siendo el técnico más joven de la historia del club.8 9Posteriormente, en el verano de 2010, amplia su vinculación con la entidad por una temporada más tras clasificar al equipo che para laUEFA Champions League. En junio de 2009 participa en el IV Clínic de Entrenadores de Lanzarote junto a Josep Guardiola y José Luis Mendilibar.
En la temporada 2010/2011 vuelve a clasificar en tercer lugar al Valencia CF pese a las ventas de las estrellas del equipo, David Villa (alFC Barcelona) y David Silva (al Manchester City), motivo por el cual vuelve a renovar por una temporada más, hasta el verano de 2012.
La temporada 2011/12 empieza con la venta de otro jugador importante, Juan Mata, al Chelsea FC. Tras obtener buenos resultados en la primera vuelta de la Liga el equipo decae en juego y resultados recibiendo numerosas críticas por perder la ventaja de puntos conseguida con sus perseguidores y por caer eliminado en Primera Ronda de la UEFA Champions League. A pesar de ello, el Valencia alcanza las semifinales de la Copa del Rey y de la Europa League, obteniendo la clasificación definitiva para la UEFA Champions League en la penúltima jornada. Fue el último partido de Unai Emery en el estadio de Mestalla como técnico del Valencia CF, que no se planteó la renovación del técnico que recibe una fría despedida sólo dos días antes de anunciar el club el nombre de su sustituto,Mauricio Pellegrino.10
El 7 de mayo de 2012, Unai Emery confirma el nombre de su nuevo equipo, el Spartak de Moscú de la Liga Premier de Rusia.11 12 Sin embargo, apenas estuvo unos meses al frente del equipo ruso, ya que fue destituido en noviembre de 2012 por los malos resultados cosechados.13
En el día de hoy comienza la era EMERY .
